Friday, January 16, 2015

F3-statistics of Kostenki14 and Ust'-Ishim

Here are world's oldest human (Homo Sapiens) genomes driven through f3-statistics using formula f3(mbuti;test,kostenki14) and f3(mbuti;test,Ust-Ishim).  My results definitely differ somewhat from the original study due to the different and smaller snp-set, but I have not time to build new testing environment and I use my standard data set. 


Ust'-Ishim


Source f3 SNPs
Koryak 0,236256 425675
Japanese 0,236091 429066
Chukchi 0,236033 427413
Miao 0,235830 427436
Han 0,235741 429351
Mongola 0,235567 426397
Karitiana 0,235559 422494
Eskimo 0,235470 427107
Xibo 0,235293 426917
Korean 0,235204 426075
Hezhen 0,235168 427084
MA1 0,235030 295395
Han_NChina 0,235017 427681
LaBrana 0,234485 380064
Yakut 0,234453 428950
Loschbour 0,234170 350588
Altaian 0,233780 427545
Nganasan 0,233703 426077
Dolgan 0,233603 423032
Pima 0,233472 424626
Yukagir 0,233451 429275
Kalmyk 0,232592 428447
Selkup 0,232253 428022
Saami 0,231903 412124
Hazara 0,231409 429565
Motala 0,231265 379732
Uygur 0,231124 429040
East-Finnish 0,228334 427955
Chuvash 0,228022 428518
Burusho 0,228005 430068
West-Finnish 0,227732 428002
Mordovian 0,227516 428289
Uzbek 0,227505 429040
Scottish 0,227386 424733
Lithuanian 0,227366 427910
Russian 0,227171 429632
Estonian 0,227011 427914
Late-migr-Finnish 0,226909 425752
Nogai 0,226781 428651
Ukrainian 0,226496 427856
Basque 0,226492 429407
Pathan 0,226399 429881
Norwegian 0,226367 428222
Kent 0,226352 429342
Sindhi 0,226269 429775
CEU 0,226117 426154
Czech 0,226022 428095
Belarusian 0,225979 428132
Cornwall 0,225874 429475
Turkmen 0,225830 427921
Croatian 0,225659 428143
Spanish_North 0,225513 425477
BR2 0,225508 410515
Kalash 0,225436 428481
Orcadian 0,225426 428469
French_South 0,225277 426941
Hungarian 0,225210 429370
French 0,224550 429600
Chechen 0,224507 427795
Bergamo 0,224065 428459
Bulgarian 0,223971 428137
Kumyk 0,223804 427850
Adygei 0,223778 429220
Balkar 0,223611 428347
KO1 0,223611 227060
Balochi 0,223511 429758
Lezgin 0,223288 427957
Greek 0,223254 429378
Tuscan 0,223173 427389
LBK 0,223083 348603
Sardinian 0,223048 429279
Spanish 0,222956 430150
Abkhasian 0,222406 427787
NE1 0,222323 408466
Armenian 0,222067 428086
AngloSaxon 0,221446 364855
Briton 0,220870 387006
Sicilian 0,220530 428355
Iceman 0,220186 357120
IR1 0,220045 218652
Makrani 0,219359 429665
NE5 0,218036 185097
Maltese 0,217884 427243
NE6 0,216792 214577
CO1 0,216335 196647
NE7 0,215117 207674

Kostenki14


Source f3 SNPs
KO1 0,281785 192452
CO1 0,275900 166516
Loschbour 0,272549 291022
NE5 0,271244 156624
NE7 0,269457 175583
LaBrana 0,269449 316501
NE6 0,268098 181650
IR1 0,265718 184708
Motala 0,261317 314780
MA1 0,259493 245408
Briton 0,258596 321656
AngloSaxon 0,258345 303958
Lithuanian 0,253541 350200
Icelandic 0,252974 350409
Estonian 0,252884 350223
Saami 0,252622 340401
Iceman 0,252033 297127
Basque 0,251777 350842
Cornwall 0,251709 350884
Orcadian 0,251538 350487
East-Finnish 0,251535 349644
Late-migr-Finnish 0,251392 348727
Kent 0,251379 350857
Spanish_North 0,251172 349075
Norwegian 0,251126 350384
CEU 0,250908 348936
Czech 0,250863 350320
Belarusian 0,250750 350254
Mordovian 0,250698 350335
Scottish 0,250626 348725
West-Finnish 0,250621 349664
French_South 0,250603 349813
Ukrainian 0,250368 350180
Hungarian 0,250142 350866
Russian 0,250120 350908
NE1 0,250051 337520
Croatian 0,249933 350312
BR2 0,249875 339188
French 0,249870 350938
LBK 0,249408 289200
Bergamo 0,249247 350473
Tuscan 0,248178 350059
Bulgarian 0,248104 350333
Spanish 0,247902 351118
Sardinian 0,247686 350834
Greek 0,246928 350845
Chuvash 0,246590 350370
Chechen 0,245638 350127
Lezgin 0,245571 350218
Adygei 0,244999 350727
Kumyk 0,244259 349999
Sicilian 0,243754 350423
Balkar 0,243645 350386
Armenian 0,243315 350223
Karitiana 0,242963 346845
Nogai 0,242688 350399
Abkhasian 0,242637 350083
Selkup 0,242314 349959
Kalash 0,242050 350303
Maltese 0,241578 349953
Pathan 0,241183 350912
Turkmen 0,240726 350053
Burusho 0,240202 350967
Pima 0,239602 347912
Uygur 0,239302 350473
Sindhi 0,239120 350854
Balochi 0,238957 350877
Uzbek 0,238909 350442
Hazara 0,238809 350680
Altaian 0,237666 349553
Eskimo 0,237437 349229
Yukagir 0,237166 350467
Chukchi 0,236065 349381
Yakut 0,235438 350339
Kalmyk 0,234958 350016
Makrani 0,234912 350837
Dolgan 0,234503 347029
Nganasan 0,234148 348588
Koryak 0,233907 348368
Xibo 0,231913 348960
Mongola 0,231745 348637
Hezhen 0,231369 348938
Han_NChina 0,231100 349387
Korean 0,230986 348358
Miao 0,230982 348983
Japanese 0,230937 350016
Han 0,230338 350178

No comments:

Post a Comment

English preferred, because readers are international.

No more Anonymous posts.