tag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post7251862822033542067..comments2024-02-22T00:36:40.647+02:00Comments on Kalevan ja Untamon geenit: European coarse population structure using 14.4 millions markersMaurihttp://www.blogger.com/profile/03670078523265515878noreply@blogger.comBlogger11125tag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-90974256584738812052016-10-22T20:23:48.686+03:002016-10-22T20:23:48.686+03:00Uusin tieto on että muinaisgenomit on syötetty DNA...Uusin tieto on että muinaisgenomit on syötetty DNA.LANDin prosessiin. Tulos on suomalaisten osalta hämmentävä, enkä osaa sitä selittää.Maurihttps://www.blogger.com/profile/03670078523265515878noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-12824078408362650362016-10-22T18:12:10.134+03:002016-10-22T18:12:10.134+03:00En tiedä miten tämä testi on tehty, mutta sain tie...En tiedä miten tämä testi on tehty, mutta sain tietää sen perustuvan DNA.Land:n menetelmään. DNA.LAND ei itse tietääkseni tee tällaisia testejä. DNA.LAND:n software on kuitenkin ladattavissa omalle koneelle, tein sen itse noin vuosi sitten, joten on mahdollista tehdä omia testejä omalla datalla. EI niihin pidä tietenkään yhdistää DNA.LANDia auktoriteettina. Ohjelma on Dienekesin sekoituslaskuria vastaava. Tuloksiin en osaa sanoa, ne riippuvat monesta asiasta. Maurihttps://www.blogger.com/profile/03670078523265515878noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-34613428556368524182016-10-22T14:48:34.779+03:002016-10-22T14:48:34.779+03:00Tämä kysymys ei liity suoraan aiheeseen, mutta kys...Tämä kysymys ei liity suoraan aiheeseen, mutta kysyn kuitenkin. :-)<br /><br />Mitä mieltä sinä olet näistä Rise00:n prosenteista: https://s18.postimg.org/n7saz3s15/Admixtures.png<br /><br />On minusta aika mielenkiintoista, jos RISE00:ssa ei ole lainkaan suomalaista. Kyseinen näyte on ajoitettu 2575–2349 cal BC. Jos nuorakeramiikka on tullut Baltian ja Viron kautta Suomeen, luulisi, että Viron nuorakeraamisen näytteen Suomi-osuus ei olisi nolla. Onko tähän taas joku tekninen selitys kuten esim. että Sopen geenivirta kulki vain Virosta Suomen suuntaan eikä toisinpäin, joten RRISE00:ssa ei ole mitään nimenomaan vain suomalaisille tyypillistä perimää. Toisaalta Ruotsin vasarakirvesmiehessä on kuitenkin 2,5% suomalaista ja Esperstedtin Uneticessa ja nuorakeramiikassa on jopa 5,9 ja 4,5% suomalaista. <br />Kuvan on postannut Anthrogenicaan Tomenable ja hän kirjoittaa, että kyseessä on “DNA Land results for some ancient samples (sorted from highest to lowest "North Slavic").”<br /><br />Kristiinahttps://www.blogger.com/profile/02994105875605082112noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-39399035937337356922016-10-22T13:18:31.141+03:002016-10-22T13:18:31.141+03:00Juu, tämän bloginhan tarkoitus on tarkastella Kale...Juu, tämän bloginhan tarkoitus on tarkastella Kalevan ja Untamon geenejä, eikä Svenin ja Fridan geenejä, joten se, miten optimaalisesti ruotsalaisten geenit kuvissa piirtyvät, ei ole olennaista.<br /><br />On hieno homma, että joku tarkastelee nimenomaan suomalaisten geenejä. <br /><br />Uskon, että kaikilla etnisillä ryhmillä on aivan oma mutkikas geneettinen historiansa, ja nykyisillä esihistorian tulkinnoilla, jotka perustuvat kovin yksipuoliseen otokseen muinaiskulttuurien näytteitä, rakennetaan liian yksinkertaista kuvaa menneisyydestä. <br /><br />Otaksun, että esimerkiksi, että minun geneettiset esi-isäni ovat puhuneet ennen kaikkea Suomen kampakeraamisen ajan kieltä, nuorakeramiikan ja Kiukaisten kulttuurin kieltä, sisä-Suomen saamea ja nyt viimeksi suomen kieltä. Meidän esihistoria on aivan meidän oma historiamme eikä kuulu kenellekään muulle. Kristiinahttps://www.blogger.com/profile/02994105875605082112noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-54017193043943122962016-10-20T19:58:47.736+03:002016-10-20T19:58:47.736+03:00Riiight...
Anyway, they pretty much behave as Swe...Riiight...<br /><br />Anyway, they pretty much behave as Swedish samples are expected to. There's too few of them to make their own cluster in this run of yours, but their chunkcount/chunklength sharing, which you don't want to show, would show their affinity to Northwest Europe is easily higher than other samples in their clusters.Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-68841317771468551132016-10-20T19:22:50.819+03:002016-10-20T19:22:50.819+03:00I have just now other plans and duscussion about S...I have just now other plans and duscussion about Swedish samples doesn't help it forward. What I wrote about those two samples is true anyway. Sorry.Maurihttps://www.blogger.com/profile/03670078523265515878noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-42000680075840158092016-10-20T18:43:20.781+03:002016-10-20T18:43:20.781+03:00Pagani et al. has a PCA too, and Swedes cluster as...Pagani et al. has a PCA too, and Swedes cluster as expected. Figure 1 is how they should cluster with 1000genomes populations http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/10/17/081505.full.pdf<br /><br />The two Swedes cluster together in their Chromopainter runs too. Why don't you provide the Chromopainter data I asked, since you've done that with your previous runs? I don't want to conclude you're actually trying to discredit a method by withholding data...Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-40228050802746843152016-10-20T18:28:52.612+03:002016-10-20T18:28:52.612+03:00I made a PCA including all data (Pagani+1000g). T...I made a PCA including all data (Pagani+1000g). Two Swedish samples are far away from each others, not making any cluster like other ethnioc groups do including two or three samples in Pagani data. Comparing to TSI, Kent, Polish and Belarusian people the first Swede is very eastern, another is on the other side of the Slavic group, but no hell something I expected. I would never pass them through my quality control. It is sad to say this and wouldn't if you wouldn't ask.Maurihttps://www.blogger.com/profile/03670078523265515878noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-78397555094245227582016-10-20T16:55:59.876+03:002016-10-20T16:55:59.876+03:00I read the Pagani et al. paper about this dataset ...<br />I read the Pagani et al. paper about this dataset and the Swedes looked typical. Can you link the table for individuals' values so we see if they get more donations from the West European cluster than others in their grouping, as should be expected? That W-Euro cluster btw has Italians and Iberians which should never cluster with Swedes. If you remove those and rerun the data, the Swedes should change cluster.<br /><br />Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-16867830649435474942016-10-20T16:39:29.915+03:002016-10-20T16:39:29.915+03:00"Assigning ancient European samples as donors..."Assigning ancient European samples as donors for modern samples is possible, and has been done in a few studies".<br /><br />If we want to use haplotypes.<br /><br />"The picture you linked is just the aggregate, which shows the cluster's average values".<br /><br />Yes it is a coarse grouping, but still grouping which shows for example Swedish samples being not so average, in my opinion. Maurihttps://www.blogger.com/profile/03670078523265515878noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-3427954556695420515.post-51262151010427530482016-10-20T14:42:45.135+03:002016-10-20T14:42:45.135+03:00Assigning ancient European samples as donors for m...Assigning ancient European samples as donors for modern samples is possible, and has been done in a few studies.<br /><br />The Swedes have additional Northeastern European affinity compared to English or Germans, but if they're in Northeastern European clusters they should have extra affinity to Northwest Europeans relative to other members of the cluster, visible in individual coancestry heatmap like this:<br />http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1002453<br /><br />The picture you linked is just the aggregate, which shows the cluster's average values.Anonymousnoreply@blogger.com